生物学技术的发展为利用生物反应器生产外源蛋白提供了许多方法和手段。到目前为止，已发展出了大肠杆菌、酵母、昆虫、哺乳动物细胞等多种蛋白表达系统，其中酵母表达系统是最近发展起来的新型表达系统。最先使用的是酿酒酵母，1981年Hitzeman等用酿酒酵母成功地表达了人干扰素，但该系统具有一定的局限性，缺乏强有力的启动子，分泌效率差，质粒不稳定等。因此，人们在此基础上又寻找了新的酵母表达系统——毕赤酵母，即甲醇营养型表达系统。目前该表达系统被广泛应用，但由于缺乏对毕赤酵母表达系统的全面认识，在生产和科研过程中易出现认识不足而导致实验失败。
此系统不仅具有高表达、高稳定、高分泌的特点，而且其宿主甲醇酵母—巴斯德毕赤酵母(Picchia pastoris)具有高密度生长的特性。甲醇酵母是可利用甲醇作为唯一碳源的酵母，主要有H.Polymorpha、Candida Bodinii、Pichia Pastoris三种，其中Pichia Pastoris作为基因表达系统使用得最多、最广泛。与以往的基因表达系统相比，它具有无可匹敌的高表达特性，已被认为是最具有发展前景的生产蛋白质的工具之一。因此近年来此表达系统的研究得到迅速发展，在其中表达了多种具有商业价值的外源蛋白。
甲基营养型酵母包括：Pichia、Candida等.以Pichia.pastoris(毕赤巴斯德酵母)为宿主的外源基因表达系统近年来发展最为迅速，应用也最为广泛，已利用此系统表达了一系列有重要生物学活性的蛋自质。自从1987年Cregg等首次用巴斯德毕赤酵母(Pichia pastoris)作为宿主表达外源蛋白以来,作为一种新的高效的表达系统，毕赤酵母越来越引起人们的重视，到1995年，已有四十多种外源蛋白在该宿主菌中获得表达。而最近几年每年报道的在毕赤酵母中表达的外源基因就有几十种，且一年比一年多。毕赤酵母系统的广泛应用，原因在于该系统除了具有一般酵母所具有的特点外，还有以下几个优点;
(1)含有特有的强有力的AOX(醇氧化酶基因)启动子，这是目前最强，调控机理最严格的启动子之一，用甲醇可严格地调控外源基因的表达;
(2)表达水平高，即可在胞内表达，又可分泌型表达。毕赤酵母中，报道的最高表达量为破伤风毒素C为12g/l，一般大于1g/l。绝大多数外源基因比在细菌、酿酒酵母、动物细胞中表达水平高。一般毕赤酵母中外源基因都带有指导分泌的信号肽序列，使表达的外源目的蛋白分泌到发酵液中，有利于分离纯化;
(3)发酵工艺成熟，易放大。已经有大规模工业化高密度生产的发酵工艺，且细胞干重达100g/l以上，表达重组蛋白时，已成功放大到10000升;
(4)培养成本低，产物易分离。毕赤酵母所用发酵培养基十分廉价，一般碳源为甘油或葡萄糖及甲醇，其余为无机盐，培养基中不含蛋白，有利于下游产品分离纯化;而酿酒酵母所用物一般为价格较高的半乳糖;
(5)外源蛋白基因遗传稳定。一般外源蛋白基因整合到毕赤酵母染色体上，随染色体复制而复制，不易丢失;
(6)作核表达系统，毕赤酵母具有真核生物的亚细胞结构，具有糖基化、脂肪酰化、蛋白磷酸化等翻译后修饰加工功能。
Pichia.pastoris基因表达系统经过近十年发展，已基本成为较完善的外源基因表达系统，具有易于高密度发酵，表达基因稳定整合在宿主基因组中，能使产物有效分泌并适当糖基化，培养方便经济等特点。利用强效可调控启动子AOX1，已高效表达了HBsAg、TNF、EGF、破伤风毒素 C片段、基因工程抗体等多种外源基因，该系统为高效、实用、简便，以提高表达量并保持产物生物学活性为突出特征的外源基因表达系统，而且非常适宜子扩大为工业规模。目前美国FDA已能评价来自该系统的基因工程产品，最近来自该系统的Cephelon制剂已获得FDA批准，所以该系统被认为是安全的. Pichia.pastoris表达系统在生物工程领域将发挥越来越重要的作用，促进更多外源基因在该系统的高效表达，提供更为广泛的基因工程产品。
毕赤酵母宿主菌常用的有GS115和KM71两种，都具有HIS4营养缺陷标记。其中，GS115茵株具有AOX1基因，是Mut+，即甲醇利用正常型;而KM71菌株的AOX1位点彼ARG4基因插入，表型为Muts，即甲醇利用缓慢型，两种菌株都适用于一般的酵母方法。
毕赤酵母在20世纪70年代曾被用于生产单细胞蛋白，有很好的发酵基础，菌体密度可达100g/L干重。其生长培养液的组分包括无机盐、微量元素、生物素、氮源和碳源，廉价而无毒。它能在以甲醇为唯一碳源的培养基中快速生长，其中醇氧化酶AOX——甲醇代谢途径的关键酶可达细胞可溶性蛋白的30%。而在葡萄糖、甘油或乙醇作为碳源的培养细胞中则检测不到AOX。AOX的合成是在水平调控的。其基因启动子具有明显的调控功能，可用于调控外源基因的表达。此调控作用是由一般碳源/解及碳源特殊又重机制控制的。外源基因在甲醇以外的碳源中处于非表达状态，而在培养液中加入甲醇后，外源基因即被表达。
巴斯德毕赤酵母中存在着一种称为微体的细胞器，其中大量合成过氧化物酶，因此也称为过氧化物酶体。合成的蛋白质贮存于微体中，可免受蛋白酶的降解，且不对细胞产生。
巴斯德毕赤酵母的载体是整合型载体。常见的表达载体有pPIC3、pPIC9、pHIL-D1、pA0804、pA0815、pPSC3K等。载体包含醇氧化酶—1(AOX1)基因的启动子和终止子(5AOX1和3AOX1)，它们被多克隆位点(MCS)分开，外源基因可以在此插入。此载体还包含组氨醇脱氢酶基因(HIS4)选择标记及3AOX1区。当整合型载体受体时，它的5AOX1和3AOX1能与染色体上的同源基因重组，从而使整个载体连同外源基因插入到受体染色体上，外源基因在5AOX1启动子控制下表达。
Pichia.pastoris酵母菌体内无天然质粒，所以表达载体需与宿主染色体发生同源重组，将外源基因表达框架整合于染色体中以实现外源基因的表达。包括启动子、外源基因克隆位点、终止序列、筛选标记等。表达载体都是穿梭质粒，先在大肠杆菌复制扩增，然后被导入宿主酵母细胞。为使产物分泌胞外，表达载体还需带有信号肽序列。
毕赤酵母表达系统有多种分泌型表达质粒，有许多蛋白在毕赤酵母得到了高效分泌表达。胞外表达需要在外源蛋白的N末端加上一段信号肽序列，引导重组蛋白进入分泌途径，可使蛋白蛋白质在分泌到胞外之后获得准确的构型。毕赤酵母对外源蛋白自身的信号序列识别能力差，目前实验室较常用到的pPICZαA质粒，其信号肽来自酿酒酵母的α-交配因子(α-factor)，能很好的达到以上的要求。并且作为新一代的毕赤酵母分泌表达质粒，它还拥有一个特点是其具有Zeocin抗性标记基因，给我们筛选子的工作带来很大的便利。
(2)具有Zeocin抗性筛选标记基因，重组子可直接用Zeocin进行筛选，即在YPDZ平板上生长的子中，100%都有外源基因的整合，大大简化了重组酵母的筛选过程。在操作过程中，Zeocin也可用来筛选含表达载体pPICZαA的大肠杆菌子，不必另外使用Amp，经济而又简便;。
(3)在表达载体A0X1 5’端启动子序列下游，有供外源基因插入的多克隆位点，多克隆位点下游有A0X1 3’端终止序列;
与建立酿酒酵母基因工程表达系统类似，构建巴斯德毕赤酵母表达菌株的基本方法如下：(1)经典遗传学操作方法(如突变体分离、互补分析、回交和单孢分析);(2)遗传学方法(如DNA、基因置换等)为了获得高稳定的外源蛋白表达菌株，巴斯德毕赤酵母表达载体连同外源基因通过同源重组整合至宿主染色体基因组座位上。对于所示的表达载体pPIC3，能以两种方式整合至染色体上。一种是在His4或5AOX1 dNA片段的单酶切位点将质粒载体切成线性，通过单交换整合进染色体。另一种用Bgl Ⅱ酶切此质粒载体，出包含AOX1末端序列的表达盒，与宿主染色体上的AOX1基因发生一步基因置换，这样得到的表达菌株为AOX1缺陷型，它们代谢甲醇的速度明显减慢，但有时表达外源蛋白的水平却比野生型菌株高得多，尤其表现在摇瓶培养β-半乳糖苷酶、酶(invertase)和乙肝病毒表面抗原上。
与自主复制的质粒型表达载体不同，整合型表达载体的拷贝数可以有很大的变化。含多拷贝外源基因的表达菌株合成蛋白的量也较多。多拷贝表达菌株的获得方式有两种。一种是利用SDS-PAGE电泳、免疫杂交或菌落点杂交方法在大量的子中进行自然筛选。得到产量高的表达菌株。另一种在前将多个表达盒拷贝插入到单个载体中[8]，而后再通过交换整合到受体染色体上。在发酵罐培养的产物选择压力下此两种方式获得的多拷贝表达菌株被证明是稳定的。
Invitrogen公司开发的毕赤酵母表达系统的系列产品作为目前被应用为最为广泛的酵母表达系统，其主要的优点有：醇氧化酶可调控的强启动子，能高密度发酵，重组蛋白表达量高。外源基因整合在酵母基因组上，可以稳定存在。同时，高效分泌表达质粒能将外源蛋白表达后，进行翻译后加工处理，将外源蛋白分泌到细胞外，不但提高表达蛋白的活性，而且.有利于产物的纯化。
经同一表达载体后分离得到的不同子，其产物的表达水平不同。即使受体染色体上重组了相同数目的表达盒。子的表达情况也不近相同。因此，为了获得高产量的表达菌株，需要对大量的子进行筛选。小量摇瓶培养无疑是筛选子简便而有效的方法。但是由于在摇瓶培养中巴斯德毕赤酵母表达外源蛋白的水平往往不能准确地反映罐发酵中的表达情况，使之成为令人头痛的问题。主要原因是在摇瓶培养中，培养液的pH值无法控制，培养物通气不充分及无法控制添加碳源的最适速率。但是为了避免对每一个表达菌株进行繁琐的发酵罐培养条件的实验，仍需摸索表达菌株的摇瓶培养条件，使其产物的表达量与预期的发酵罐培养结果相近。
巴斯德毕赤酵母表达菌株的培养条件包括：适宜的培养液缓冲系统及适当的发酵液pH值，以降低蛋白酶的活性;最大的通气量;添加适量的蛋白胨或酪蛋白水解物以避免产物被蛋白酶降解并为外源蛋白的合成及分泌提供氨基酸和能量。在甘油作碳源的培养液中，细胞迅速生长，菌体密度逐渐增大，但此时外源基因的表达被完全。而当甘油缺失或被完全消耗时，甲醇被添加到培养液中，产生外源蛋白。此阶段菌群生长迟缓，但产物表达旺盛。经研究人员的努力，多种生产外源蛋白的巴斯德毕赤酵母的分批和连续培养都有成功报道。
巴斯德毕赤酵母表达外源蛋白分胞内的表达和分泌到胞外两种方式。毕赤酵母本身不分泌内源蛋白，而外源蛋白的分泌需要具有引导分泌的信号序列。当然，利用外源蛋白本身的信号序列很方便，因为基因的全部编码序列可以插入到表达载体的单个或多个克隆位点。但在许多例实验中，巴斯德毕赤酵母不能利用外源基因本身的信号序列引导分泌。而由89个氨基酸组成的酿酒酵母的分泌信号——α交配因子引导序列已经成功地引导了几种外源蛋白的分泌，如鼠表皮生长因子，产量达0.45g/L。
随着巴斯德毕赤酵母表达系统的不断发展和日趋完善，许多具有商业价值的外源蛋白在此系统中得到了成功表达。目前已有多种蛋白质的基因在该表达系统中克隆成功，包括蛋白酶、酶剂、受体、单链抗体等(表1)。尽管各种外源蛋白质产生的水平不一，由于其表达载体上醇氧化酶基因强启动子的作用，外源蛋白的表达量很高，在甲醇酵母中的产生水平均为在细菌、昆虫或哺乳动物等表达系统中产量的10～100倍。如破伤风毒素蛋白的产量达12g/L，如表皮生长因子(EGF)在酿酒酵母中的产量为7.4mg/L，而在甲醇酵母中为450mg/L，提高了60倍。椐报道，外源蛋白质在甲醇酵母中的产量最高可达12g/L。外源蛋白在巴斯德毕赤酵母中的表达分胞内表达和分泌到胞外两种方式。我们将在巴斯德毕赤酵母中表达外源蛋白的情况总结如表1。
经过近十几年的不断发展，甲醇酵母表达系统已日趋成熟，应用也日趋广泛。国内外相继展开了利用该宿主菌株进行表达研究，并且有许多成功的报道。国家海洋局第三海洋所的陈丹等人在此酵母中表达了鲈鱼生长激素，表达量为100mg/L。美国Invitrogen公司也已开发出多种新型的甲醇酵母表达系统试剂盒，如Multi-copy Pichia Expression Kit、Easyselect Pichia Expression Kit、Pichia methanolia Expression System等，利用甲醇酵母表达系统克隆一个外源基因已十分方便。因此要利用此系统表达一个外源基因已十分方便。在国内外实验室的共同努力下，利用巴斯德毕赤酵母基因表达系统必将生产出更多具有商业价值的外源蛋白。相信随着对甲醇酵母研究的进一步深入，它在生产外源蛋白质方面将日益展示出诱人的前景。
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