6月5日，万钢部长召集科研诚信建设联席第六次会议，部署处理论文造假工作。科枝部牵头会同中国科协、教育部、卫生计生委、自然科学基金等部门成立联合工作组，制定了彻查处理工作方案，在现行法律法规等的框架内提出了统一的处理规则，组织涉事论文作者所在单位从行政调查和学术评议两条线，实事求是对论文质量、论文署名情况、撰写发表过程、代写代投第三方机构情况、论文使用情况等开展彻查，基本查清了撤稿论文的情况，为下一步开展处理打下扎实的基础。
同时各部门对涉事论文作者承担或正在申请科研项目(基金)、建设。人才计划和科技励等情况进行了全面排查，对相关科研项目、基金等予以暂停。针对此次撤稿事件中参与造假的第三方中介机构，科技部、教育部、卫生计生委、自然科学基金会、中国科协等部门会同中央网信办、工商部门，启动网上网下清理工作，打击论文造假的灰色产业链。
科技部政策法规与监督司司长贺德方强调，撤稿是学术期刊净化、纠错的机制，正常的撤稿应当是期刊针对已发表的论文，发现问题的，随时发现，随时撤稿。但对数年来的论文集中、大规模的撤稿则是不正常的，一定程度上也是不负责任的，长期以来，我国广大科技人员坚守的境界和良好的操守，潜心研究、勇于探索、淡泊名利、求真务实，取得了举世瞩目的成就。绝不能因为个别科研人员违反科研诚信要求、科学，就否定我们整个科技人员队伍，否定广大科研人员做出的杰出贡献。
科技部、中国科协、教育部、卫生计生委、自然科学基金会将以此次撒稿事件为契机，深化科研评价制度，强化以品德、能力、贡献力为核心的人才评价导向，更好发挥指挥棒和风向标作用。
4月21日，世界学术出版巨头斯普林格出版社(Springer)发布一则撤稿声明。斯普林格宣布撤回旗下医疗期刊《肿瘤生物学》(Tumor Biology)于2012年至2015年发表的107篇学术论文，这些论文全部来自于中国作者，涉及协和等国内知名医院、医学院的524名医生。
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