悖论一般指的是是逻辑上的矛盾，而转基因悖论则是社会对转基因的认识误区呈现出来的自相矛盾。这种矛盾并非无解，而是、科学家、企业、农民、消费者以及各阶层关心转基因的人士经过复杂作用形成的格局，此格局背后其实只有一个逻辑点，即转基因是否安全。必须承认，这个问题是科学问题，因此必须基于科学认识来讨论此问题。
中国进口美国、巴西、阿根廷的大量转基因大豆和玉米，也就是说，部门相信这些产品的安全性，但却不允许种植国产的转基因大豆、玉米。这就了一部分消费者愿意购买廉价的转基因大豆产品的，也了农民自主选择品种和技术的。
农业部违规在先。五年来农业部迫于反转压力不敢审批已获安全证书的转基因品种，不批不拒不解释，直拖到安全证书到期(今年8月17日到期)让其申请失效。另一方面，根据《种子法》，虽然销售未经品种审定的种子不，但农民购买种植并不违法。湖北迫于央视压力去铲除农民种植的转基因水稻，损害农益，并无法律依据。
拿到安全证书的转基因水稻需要农业部做品种审定，这是中国独有的一个环节，属于计划经济的遗留物，同时也是中国式食品管理系统的一个特殊产物。通过安全评价的作物、深受农民欢迎的产品却不给品种审定，不仅仅是行政，同时也是对中国转基因科普事业的一种，它给不明的百姓一种“转基因食品还不够安全”的暗示。
农业部对转基因的态度是，“研发要积极，推广应用要慎重”，于是“慎重推广”就成为的借口，而管理部门的也成了妖转基因的一种强大力量。科普作家中有许多人都曾说过恨铁不成钢的一句气话：“中国农业部才是最大的反转控!”从客观效果看，将已经通过安评的作物品种锁定在实验室中，这种确实起到了反转作用——它有一种强烈的暗示：转基因还不够安全。这种暗示将本来就已经糊涂了的一步步推向。
很多官员本身也缺乏科学素养，自己也怕转基因食品，或者虽然知道转基因食品没有问题，但害怕，觉得多一事不如少一事。在中国当前情况下推广转基因技术，需要决策者有不压力的魄力。
以知情权名义要求强制转基因标识的背后仍然是“权”。如果相信科学(主流科学界对上市的转基因食品安全性并无)，那么强制标识也就失去根基。强调“权”将为社会带来沉重的负担：无论是零阈值标识，还是某种定量阈值标识，都会增加包括生产和流通、销售链条上的检测与标识、以及发生纠纷后的诉讼成本。真正的知情权是了解认识转基因的科学基础与事实，而非仅仅知道一个阈值标签。科学家和科普作家一直在赋予这个知情权，而反转控们则一直在用各种谎言和、用的手段来的知情权。他们对转基因产业化的，则不仅仅让你，也让我失去了选择权。
全人类是转基因技术的利益集团，正是全人类的农业生产、加工、消费、生态等各领域的收益“操控”了转基因的迅速发展。另一方面，商业利益是人类进步到今天的重要力量之一。在管理得当情况下，商业利益将生产商改进技术并更提高产品品质与质量，这也是转基因食品安全性的又一重。反倒是，反转群体常常出于利益考虑才生事、“无利不起早”。
从宏观层面，既然人类的出现是自然产生的，那么人类的行为以及对大自然的也就是自然的(或天然的);从育种层面，目前现有的所有作物以及畜牧均为人类的结果。再具体一点，杂交育种也是人工基因的产物，转基因育种则更加精确而已。
世界上没有绝对安全的产品。人们也同样不能证明手机是“绝对”安全的，大部分是在“稀里糊涂”地使用着手机，他们并不了解手机的工作原理。而对于转基因产品，科学家已经用“实质等同”了经过批准的转基因作物与传统育种作物在主要成分上并无差异。
“一把钥匙开一把锁”，在毒理学上有个拟人化的说法 “一个人的毒药可能对另一个人就是美食”，这说明不同的事物各有自己最适合的对象。BT蛋白对虫是毒药，但对人就不起作用，因为BT蛋白毒虫的机制在人类身上不存在!
既然第一代不育，何来以下两代不育呢?转基因食品的基因在本质上与普通食物的基因没有任何区别，都是由基因的最小单元——碱基构成的。如果人类吃基因就能改变自身的基因，那么数万年来，人类会变成什么样子?
三聚氰胺有害无争论，农药残留有害无争论，地沟油有害无争论——在科学界和如此高度关注之下，转基因如果真有害，怎么可能还有争论?
转基因食品的安全性是科学实验而非生活实践所的。人类吃烤肉两万代、五十万年，也未能发现其中问题;科学实验无须两代、五十年，而是在极短时间内就找出烤肉中的苯并芘，明确告诉你它致癌。
人类认识事物确实都将经历一个过程，就如同用更安全的新药替代四环素等旧药、用更安全的杀虫剂替代滴滴涕一样，现在人类发现了传统食品的生产方式存在诸多问题，才需要用更安全、更环保、品质更好的转基因食品替代传统食品。反转控则认为：新药和新农药没用过，还是继续用四环素和滴滴涕吧。
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