全基因组 巴克夏猪的起源与驯化

  2014年,诺禾致源科技服务团队与大学、四川农业大学合作,从全基因组水平了欧洲家猪巴克夏起源历史,并了人工驯化塑造遗传变异的规律。相关《全基因组重测序巴克夏猪历史起源和驯化机制》于2014年4月份发表在NPG旗下《科学报道》(Scientific reports)。

  巴克夏猪是典型的欧洲地方驯化品种,早在18世纪早期就开始经历高强度人工选择,使其能够快速积累肌肉组织和人们期望的猪肉品质,如多汁、风味、嫩度、粉红色调和加深纹理。本文研究了巴克夏猪(3个个体)和世界各地的猪(38头)之间的遗传关系,探索巴克夏猪在人工选择下的遗传变异规律。采用illumina测序平台,对3头雌性巴克夏猪构建500bp文库进行全基因组测序,另外从已发表的数据库中下载38个猪的数据进行信息分析,包括14个欧洲驯化猪(5个品种)、6个亚洲驯化猪(3个品种)、7个亚洲野生猪(4个区域)、6个欧洲野生猪(4个区域)、5个远缘品种。

  结果发现大量非同义SNP变异基因与嗅觉功能相关,该类基因是哺乳动物基因组中一个迅速发展的基因家族的一部分。系统发育分析表明欧亚的地理隔离造成的遗传结构差异超过了野生和驯化的差异。种群遗传交流分析(D-statistics)显示巴克夏猪中具有更高比例的中国猪的遗传物质,这与该猪历史起源记录一致。选择性清除分析结果显示,巴克夏猪对于潜在的经济性状相关基因具有强选择信号,如抗病、猪肉产量、生育、温顺和体长等。在受选择性信号最强的区域发现NR6A1基因,而该基因是与脊背的伸长和椎骨数量增加非常相关的候选基因。

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