早在上世纪90年代，不少研究者就曾尝试以基因疗法、干细胞疗法等治疗艾滋病，但均未获得成功。2008年，夏里特医院(Charité)对传统的骨髓干细胞移植作了改进，从80位符合条件的骨髓捐赠者中，筛选到拥有趋化因子受体CCR5变体的志愿者，成功实施手术后使艾滋病病毒携带者得以治愈。
然而，骨髓移植常常伴有相当大的风险，容易带来排异反应，这对于艾滋病病毒携带者而言可能意味着生命。既然移植抗艾变异基因难以在临床上大规模应用，不少研究者将焦点锁定到干细胞治疗外的其他方法上。其中，人工的核酸内切酶——锌指核酸酶(Zinc finger nuclease，ZFN)作为基因组编辑的常见工具之一，进入了研究者的视野。美国南大学生物学的葆拉·坎农团队利用锌指核酸酶，切割实验鼠未成熟造血干细胞CCR5等位基因编码区第185位氨基酸密码子后的32个碱基，以切断艾滋病病毒入侵机体的径，其发表于2010年7月的《自然·生物技术》(Nature Biotechnology)上。根据其研究结果，“变异”实验鼠体内含有较多可抵御艾滋病病毒的T细胞，艾滋病病毒含量非常低，而该结果也激励了其临床研究的探索。
此次，大学的June领衔的研究团队利用锌指核酸酶，对12名艾滋病病毒携带者体内提取的未被感染的T细胞进行了CCR5基因突变，而后将T细胞注回感染者体内，停药后的6名感染者中4人体内的HIV数量变少，1人病毒检测结果呈阴性(即艾滋病的“功能性治愈”——感染者停止治疗后，难以在血液中检测出艾滋病病毒)。这表明，T细胞是免于终身使用抗逆病毒药物、促使“功能性治愈”艾滋病的关键。
大学研究团队所采用的锌指核酸酶技术，来自于桑加莫生物技术公司(Sangamo生物技术公司)。该公司于2011年2月27日至3月2日在举办的第18届逆病毒和伺机染会议(CROI)上公布的结果表明，基于锌指核酸酶生成的CCR5修饰的自体T细胞产品(SB-728-T)治疗HIV/AIDS的安全性良好：单独输注SB-728-T耐受性良好;CCR5修饰细胞成功地输注入所有受试者，结果发现5/6受试者中的总CD4+细胞计数持续改善。目前，美国临床试验官网(clinicaltrials.gov)的信息显示，该药的临床Ⅰ期试验仍处于招募志愿状态中。
为了开展上述试验，桑加莫生物技术公司在早期进行了第一阶段的试验研究。该公司的研究发展执行副总裁指出，“试验数据显示，在经历抗逆治疗中断后，被试者的血液循环中，经过CCR5基因修改的CD4细胞的数量和HIV病毒载量的降低有重要的关系”。
除了艾滋病，该公司还采用锌指核酸酶技术的非基因修饰产品SB-509-901，用于治疗糖尿病周围神经病变。但2b期临床试验的结果显示，未达到预期水平。此外，June的研究团队还初步测试了锌指核酸酶技术修饰后的T细胞在癌症治疗中的应用潜力。
除了夏里特医院和大学/桑加莫生物技术公司的案例外，美国专家在亚特兰大举行的第20届逆病毒与伺机染会议(2013年)上还报告，一名先天携带艾滋病病毒的女童，在出生30小时后接受治疗，在注射了高于治疗水平剂量的抗逆病毒药物后，体内病数稳步减少，在29日龄时未在其血液中检测到艾滋病病毒。此后，该女婴直到18月龄时接受抗逆病毒后续治疗。此后因意外停止治疗，直到医生再次与其联系时(10个月后)未在其血液中检测到艾滋病病毒(通常，艾滋病携带病毒者如果停止接受抗逆病毒疗法几个星期，其体内潜伏着的艾滋病病毒就会被激活，重新感染细胞)。
今年，美国约翰斯·霍普金斯大学等机构的研究人员在举行的艾滋病学术会议告，一名携带艾滋病病毒的女婴在出生4个小时后开始接受抗逆病毒药物治疗，直到快1岁时未在血液中检测出病毒(但该女婴仍在接受抗逆病毒药物治疗)。
此外，法国研究者对14名患者年龄在34～66岁之间、20世纪90年代至初感染艾滋病病毒的患者调查显示，停药后病毒载量都在可控范围内。不过，该批患者均在感染病毒10周内开始接受治疗，平均治疗3年后开始停药，这意味着可能是早期治疗的效果，而且停药后能继续抗击体内艾滋病病毒的机制仍未知。
对此，2008年的诺贝尔生理学或医学获得者、艾滋病病毒研究者、1983年发现艾滋病病毒的论文作者之一弗朗索瓦丝巴尔·西诺西(Franoise Barré-Sinoussi)曾在2013年评价指出，艾滋病的功能性治愈并非白日梦，关键在于了解HIV潜伏的机制，并利用组合疗法(开发药物来激活潜伏HIV的同时，利用其它药物来清除激活的HIV)来进行治疗。
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