一个药物从研发到上市，通常都会有多个不同的名字。在研发阶段，药物通常会有一个或多个用来代表化合物的代号。研发成功后，药物会有一个通用名，上市销售时，制药公司会给予药物一个商品名。例如：小剂“STI-571”就是后来众所周知的“伊马替尼”，诺华公司在市场推广的时候使用的商品名是“格列卫”。
单克隆抗体药物的通用名一般以“-mab”(monoclonal antibody)结尾，小靶向药物一般以“-ib”(inhibitor)结尾。单抗药物还有一些特定的词干来表明化合物的种类，比如：“-ximab”表示鼠-人嵌合型单克隆抗体，“-zumab”表示人源化单克隆抗体，“-mumab”表示全人单克隆抗体。
不管是单克隆抗体还是小药物，都会在通用名中间包含特定的词干来说明该药物的靶点。在单抗药物名称中包含“-ci-”表示作用于循环系统，包含“-tu-”表示作用于肿瘤组织，包含“-li(m)-”表示作用于免疫系统。小药物名称中包含“-tin-”表示酪氨酸激酶剂，包含“-zom-”表示蛋白酶体剂，包含“-cicl-”表示周期蛋白依赖性激酶剂，包含“-par-”表示ADP核糖聚合酶剂。
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