2)表达的是带有GST的融合蛋白,醇化后需用凝血酶切割,我想问一下这个凝血酶与临床上用的凝血酶一样吗?
3)在做WB,因为是血清标本,含有较多的白蛋白,可能影响我的实验结果.我请问过ptglab楼主,他推荐我来这儿问一问.请问高手有什么方法吗?哪一种比较简单经济?蓝色琼脂糖凝胶可以分离吗?
用蓝色琼脂糖凝胶就可以去除,我觉得很快也很,样品直接穿过柱子白蛋白就可以去掉90%以上,你pM你的邮件地址给我,我给你一份相关的材料,我们这里就有这个填料.
4)凝胶过滤层析、离子交换层析、亲和层析上样时,对样品目的蛋白浓度的要求是不是一样的?样品浓度一般要求在多大范围内?
凝胶过滤处理样品量主要是受体积的影响大,浓度相对要小一些,上样量在床体积5%左右,如果是除盐可以上到20%左右.
其他的主要是上样的浓度,一般就在5-10mg/ml填料,具体的情况得看填料的载量和使用说明.
5)我问的意思是在纯化过程中,如果蛋白酶剂去掉了,而该蛋白酶还未去掉,我担心此蛋白酶还会消化我的目的蛋白,请问我说得有没有道理?有没有必要考虑?
你可以用抗体做WB检测你的纯化的蛋白,如果确实有酶解的现象,那你可以在纯化过程中你的缓冲液里加一些剂,然后再做对比,我觉得你考虑得很周到,这个也是值得注意的问题,但是纯化的过程时间不长,一般没有必要这么做,但是有的蛋白有降解的现象,那就加试试.
6)离子交换层析、亲和层析上样时样品的蛋白浓度可以达到5-10mg/ml?我觉得浓度是不是太大?
抱歉,没有说清楚,我的意思是填料的载量大多在这个范围,所以上样的多少由填料对你的目标蛋白的载量有关,也和填料的性质有关,一般的上样量可以按5-10mg/ml填料的量来上,至于浓度高到5-10mg/ml的样品也没有什么关系,因为其中真正你的目标蛋白不一定很高,所以其实这样的浓度也没有关系,具体的量和浓度还是要经过实验才知道.
那你就得用8M的脲或6M的盐酸胍溶解包涵体,然后复性再纯化了,用普通的缓冲液是溶解不了你的目标蛋白的,你的蛋白再破碎后的沉淀里,不在上清中.
8)你好,我最近做纯化,遇上了两个问题,第一是使用sephrose fast flow做初纯,因为胶不够,我就将一年前使用过的旧胶(放在冰箱里)加入在正在使用的胶里面,出现了怪现象,整个胶变成了絮状,沉不实,我一看,旧胶里面是有很多絮状物(不是其它东西,也是胶)漂在,下面沉淀的是胶,我立即加入了2M的NaCL,这时分层了,絮状物在,下面是胶,我于是除去了的东西,把下面的胶加上水清洗了三次,又用pH5.0的NaAC
处理了三次,完了,又变回当初的絮状态了,象稳定的絮状胶体一样,真不知到底怎么回事(也就是说加盐它就能沉,加水就絮状胶体),我的胶是不是不能用了?
另外,我做亲和,目的蛋白下面有两条带怎么都去不掉,我的蛋白是4聚体,是不是做SDS-page将它解离了?我打算做native看看,但是高效液相结果显示很纯的,只是主峰后面有个类似拖尾的小峰,不知道是不是没有分离开,想请你帮我指点一二,另外能不能介绍下亲和方面的资料,非常感谢
你的旧填料是怎么保存的呢,是在20%的乙醇中的吗,你可以把你的填料在抽滤漏斗上去清洗,先用水洗,然后再用0.5MNaOH洗三次,再用20%乙醇洗,70%乙醇洗,水洗,这样你再取出胶在水中混悬看看,应该就好了,如果不好,那就没有办法了,但是一般这么处理应该没有问题.
亲和你用的是什么方法呢,什么填料,HPLC又是用什么柱子呢,是反相吗,我觉得你得先说清楚这样才好分析. 9)chromatography兄,很感谢你的帮助,我这里没有抽滤漏斗,请问那里可以买?贵吗? 我明天用你说得办法处理几次,看看有没有办决,如果没有抽滤漏斗,是不是有什莫替代品那?
亲和我使用的是sephrose cl 6B,配基是酶的底物,我的酶是有4个亚基的聚合体,共同存在时才有活性,那两条杂蛋白带在SDS-PAGE中位于主带的下面,洗脱采用底物类似物等pH浓度梯度洗脱,奇怪的是高浓度洗脱纯度较高,一般可以去掉其中的一条杂蛋白,但是另外较小的那条基本很难去除,有杂蛋白存在时酶活往往降低的好快,请chromatography兄帮我分析分析原因,很感激.
这样的砂心漏斗试剂公司就有,不贵,一套也就300来元,没有抽滤还没有别的好代替了,也可以用中间夹膜的漏斗.
至于你说的两条带,那按理你用底物类似物洗脱或pH洗脱会不会有非吸附呢,你平衡用什么条件,洗脱呢,你用什么活化的填料,我觉得非吸附的情况是存在的,你可以改变洗脱的方式,通常这些非吸附是离子交换作用,你可以可以在平衡液里增加点盐,这样可以去除这样的吸附,此外你目标蛋白会不会降解,这样有小还一样被吸附,你可以通过抗体做WB看看,如果是这样,那只能在纯化过程中加一些酶的剂来避免.
我是用的硼氢化钠和氢氧化钠活化的,然后加入偶联剂过夜,最后加入配基,采用pH7.5的5mM磷酸氢二钠缓冲液平衡,洗脱是等PH条件下进行的,只不过改变了洗脱剂的浓度,从最大浓度洗脱的结果看,往往就少了其中一条带,你的解释我会认真思考的,亲和中存在离子吸附,是不是目标蛋白和杂蛋白的等电点很接近造成的?平衡液中加点盐,主要起什么作用?一般加多少?使用什么盐好那?如果是我的蛋白解离,这样的杂蛋白有没有什么别的方法洗掉(除了加酶的剂)?
你其实还是没有说清楚你活化的方法,看你的意思好象是环氧活化的方法,不知道你是怎么偶联的,如果你觉得是秘密,那也没有关系,只是你不说我很难判断是不是有非吸附,总之要是氨基和羧基缩合的方法,难免有离子交换作用,溴化氰也是这样的,而如果是环氧活化的方法,那么就没有离子交换的非吸附,至于盐的浓度可以加0.2-0.5M也足够了,如果是因为降解,那也许用这样亲和的方法就得把条件摸更细致点,如果不行,那可以看凝胶过滤能不能分开,即使不是降解,你也可以考虑凝胶过滤,而从你反映的情况好象杂质是个酶,加点剂看看吧.
真的谢谢你帮助,我来到这个公司之前,他们就已经使用这种方法了『硼氢化钠和氢氧化钠活化的,然后加入偶联剂过夜,最后加入配基』,我也不知道为什么,和经典的环氧等方法不一样,我们偶联剂用的是10个C,培基是带氨基的,硼氢化钠应该是还原剂的,基质是sepharose cl-6B,具体对这方面我不是很了解.我想最近作个native,和SDS对照一下,看看是不是降解,此外,这两条杂带从离子交换的时候它就一直存在的.
我就把胶放在柱子里,加上碱洗了三次,的水直接吸走,然后水洗,在加浓盐洗了两次,就漂浮着一层悬浮物,我小心再把它从吸走,之后在水里面好像就很好了,显微镜下我仔细看,与新胶没什么区别,谢谢你的帮助哦,我只是没有砂心漏斗,没法子试试而已.活化的方法是什么?我自己都不清楚.
2、离子交换层析时柱高/直径的值有很高要求吗?如果为5/7会对分离有很大影响吗?用PB或ABS平衡时你们一般用多少柱床体积?
那也许是因为有气泡,累积到一定地步后就穿过介质所以裂缝,你流速不能太快,而且缓冲液脱气,这样就应该好了.
2.一般离子交换没有必要算什么高/直径比,一般用的短粗柱子,亲和和疏水也都是这样的就可以,没有刻意要求,5/7应该影响也不大,当然如果你走线形梯度洗脱,也适当把这个比值增加点,如果走阶段洗脱就没有关系.
3.超滤膜本身的面积不小,这样也会吸附蛋白,特别是处理的量比较小的情况损失会很明显,如果量大,那损失会小的,此外如果蛋白不耐剪切力,那么用这样的方法浓缩也要特别小心,因为失活会很明显的.
11)我做的是原核表达蛋白质,目的蛋白是一个GST-融合蛋白,现在通过SDS-PAGE电泳发现目的条带已经表达出来了,正在做纯化,但是过柱纯化后发现还有其他的几条带,应该只有目的条带的,我就按照克隆上说的在过柱前加了点triton-100,但再做电泳发现杂带还有几条,但目的条带却不见了,
如果你的有一些别的杂带,那么你可以在清洗的时候多洗几个床体积,此外可以用还原谷胱甘肽做阶段洗脱,你试试,此外加大上样的流速,缩短作用时间,在你的平衡缓冲液中加点盐减少非吸附,你的带不见了,可能是
triton-100干扰结合,所以不能用,你用吐温也试试看,因为这个纯化性是比较高的,除非你的蛋白有降解现象,你可以用抗体做WB检测看看是不是都是你的目标蛋白,总之修改的方案就是我说的这几个,摸索一下吧.
最好还可以告诉我想关的提纯方法!它存在于细胞壁与膜之间,大概80K(四聚体)、32KD(二聚体),它耐高温80度仍然保持活性(在有镁离子存在的情况下),最适PH8.0
蛋白没有什么详细的结构吧,至于纯化它既然是碱性的蛋白,那你可以直接用阳离子柱子做粗步纯化,此外既然它能耐受80度,那你这样处理,大多的杂蛋白就沉淀了被去除,再上离子交换就应该有不错的效果.
13)前几天我提取了一种菊科植物的蛋白,用的是tris—Hcl缓冲液,然后用100%丙酮沉淀蛋白,结果蛋白中含有色素杂质,属水溶性,颜色很深,请教高手,如何除去色素干扰,纯化蛋白?另外我也查了一些资料,说可能是花色素,于是我在100%丙酮沉淀后,加了一步0.1%甲醇,但是并没有显著的效果.
你说的花色素就是黄酮类的花青素吗,它有很强的亲水性,所以丙酮沉淀它也沉淀,你可以改用乙醇沉淀或者硫酸铵沉淀,这样色素就不会被沉淀了,你试试吧.
15)有个关于胰岛素精纯化的问题想向你请教,我已取得95%纯度样品.但杂质大于1%,进一步纯化,用什么柱子,具体操作又怎样做呢,谢谢赐教.
我知道,我好象回复过,你用反相硅胶10um的柱子1.0X25cm或者2.2X25cm的柱子做制备,这样可以达到99%以上的纯度,别的方法很难做到你需要的纯度,此外胰岛素也可以用等电点沉淀的办法去掉一些杂质.
HPLC制备你可以参考相关的文献,其实也就是甲醇水或者乙腈水含三氟乙酸,先是低浓度吸附,然后提高浓度洗脱,详细的条件和你做反相纯化是一样的,只是HPLC的分离效果更好. 16)请问怎样可以查到protein的PI值?,多谢了先!
已知的蛋白当然是查资料,未知的如果知道序列的话,可以用软件,你在论坛中搜索吧,有不少帖子的.
别客气,有沉淀也许是蛋白在那样的pH下溶解度不好,或者因为缓冲液的原因,挂不住会不会是没有切开,所以挂不柱.最好用电泳看看切的效果如何.
DEAE纤维素要是同一家公司的差别不大,最常用的也就是DEAE纤维素 DE-52,其实我觉得你还是选择DEAE琼脂糖凝胶,流速也快,好用,没有什么必要一定用纤维素,何况价格也不便宜.你做的是什么酶呢.
我两种方法都试过的,但是只有一次是正向装完后,检测效价为30,000.请问装柱过程中除了填料和水要脱气和填料要一次性的倒入外,还有没有其他要注意的.最好能给我一个Protocol.谢谢!
另外,还有一个问题,我有一个90kD的融合蛋白(连GST),用GST的亲和柱纯化后总是有50多kD和20左右的杂蛋白.我用Sephacryl-S100能去掉它们吗?或者您可以给我一个更好的
1,我不明白,当然是正向装了,反向怎么装呢,其实装柱子只要均匀就可以,我几乎没测定过柱效,也没有Protocol,因为一般装的都没有问题,只要注意你说的几个问题就可以.
2.至于纯化的杂带你用抗体做WB看是不是降解的物质呢,你可以优化你纯化的条件,在平衡液体中提高盐的浓度,这样可以降低非吸附,这样再做做看,此外你可以用5mM,10mM.20mM还原谷胱甘肽阶段洗脱看看有什么结果,我觉得你先优化完如果没有纯化好,再用凝胶过滤吧,你可以选择sephadex G75或者是Superdex G-75,这样你的目标蛋白在外水体积中出来,后面的杂质在内水体积中,这样效果会更好点,如果用前面的S100不会比后面的两个填料效果好的.22)chromatography 大哥
我做的是碱性磷酸酶,大约32KD,我现在只做到硫酸氨盐析粗提,想进步纯化,你那有没有层析方面的资料,(比如材料的选择原则、洗脱液的选择、操作等方面)
这个蛋白硫酸铵沉淀后你可以直接用疏水,要不就透析,然后上阳离子交换的柱子,这样纯化不知道能到多少纯度,此外可以用亲和的办法,我看到的是把物质偶联到琼脂糖凝胶上做亲和,例如对氨基苯磷酸.洗脱用磷酸盐竞争洗脱就可以,这是比较好的方法.我给你发一份填料选择指南吧,也许会有的有点用处,此外把我见到亲和的文献发给你一篇
chromatography 大哥, 谢谢你拉, 资料我收到了, 我先看看还有问题在找你帮忙了,定向合成化学配基亲和层析纯化碱性磷酸酶, 新型染料配基对碱性磷酸酶的亲和纯化是什么格式的我这解压缩后打不开了
别客气,我不太清楚你说的但是我的蛋白酶蛋白含量不损失是严重,是什么意思,是损失严重吗,按理透析不应该有太大损失的,你可以用缓冲液把透析袋里面洗几次,这样能降低你的损失.其实上离子交换,不需要浓缩,直接上就可以了.DEAE50好象没有写全,是.DEAE50和G200其中.DEAE50DEAE-sephadex A50吗,G200也是sephadex G-200吧,它们随盐浓度压力,PH值体积都有比较大的变化用的时候要小心,小心流速,有不也许会堵柱子.别的很笼统,还是看看相关的书吧,也就是离子交换和凝胶过滤的问题,很难在这里几句话说得清楚.我觉得你该用DEAE琼脂糖凝胶,这样体积不随变化,流速也快,分离效果好.你的酶量是多少,G200分离范围很宽,不知道为什么选择这个,如果非用这样的范围,那可以选择sephacryl S-200代替,同样是流速快,好操作.
此外这个酶是丝氨酸蛋白酶类的吗,有没有剂,类似底物,辅酶等,这样你可以考虑用亲和的方法去做.
24)his融合蛋白纯化后含有咪唑,怎样去除?是不是要用透析?我纯化后的体积比较小,约有100微升,怎样做透析?谢谢!
这么点,那用1ml预装柱脱盐应该可以,也可以有超滤离心管做,不知道你要做什么用,如果咪唑不影响就不用去了不可以吗. 25)chromatography好!我对你和cccDNA讨论的问题很感兴趣.我的蛋白只有部分可溶,大部分表达后为包涵体,是否我用你们所说的助溶剂溶解我表达的蛋白,之后去超声就可以提高蛋白的溶解度呢?
抱歉,讨论的太多,不清楚你指的是哪个帖子,你直接用8M尿素或者6M盐酸胍溶解吧,可以的话不需要加别的物质,一般说来盐酸胍溶解包涵体比尿素的好,此外如果你蛋白真的不好溶解,那就可以加triton 100,脱氧胆酸钠等去溶解,判断溶解的好坏最简单就是看电泳,如果溶解后的样品沉淀的部分还有很多你的目的蛋白,那说明溶解不好,反之就说明很好,不溶解的部分就可以不管了.超声可以增加溶解,但是不能用太强的超声处理,一般用清洗用的超声就可以,别用破碎用的.否则也许会使蛋白断裂.
26)请教chromatography兄,刚开始分离粗蛋白时一般用什么介质比较好,有人推荐用离子交换,具体应选择什么样的填料?比如提真菌蛋白
我觉得疏水也可以,真菌蛋白也是很大的一类,不清楚具体什么特性,你得对目标蛋白很了解才好选择,如果是未知的只能试离子柱,也可以用疏水,同时至少要建立检测的方法,否则很难判断纯化的效果.
所以我想通过提前收获菌体上清(尽量减少杂蛋白比例),然后加入PMSF过疏水层析来纯化,用的是10%的硫酸铵来上样,但是,发现我的蛋白吸附不到柱子上了!!!是因为加了PMSF的原因吗(用异丙醇溶解的)?
异丙醇可以降低疏水性,所以挂不上主要是这个原因,其实溶解可以用乙醇,这样你上柱子的时候就得相应加大硫酸铵的浓度,吸附牢固,洗脱可乙醇,甘油太粘,压力大,加到5%就足够.
28)我在原核表达了一个融合6his的蛋白,融合蛋白约15kd,表达量很大,但是用Ni琼脂糖纯化的时候发现蛋白不挂柱子,几乎全部都在穿透液里,重复了几次都是这样.
具体流程我是按照克隆的方法,用融菌酶破菌,然后加Triton100,DNase,RNase,离心,上清过滤后上.
你的柱子有没有变颜色呢,你把你的样品透析一下再上样看看,你的样品要用平衡缓冲液稀释,上样的和柱子平衡后的一样,上样的浓度要稀一些,流速要慢一些,这样吸附更好一点,此外在你的样品中直接加10mM咪唑,这样上样可以避免一些量很大的杂蛋白于填料吸附而使目标蛋白挂不住,此外你多大的柱子,上多少样品,你最好能把你的操作写清楚一些,这样好分析原因.29)请问一下,GST融合蛋白一般是在柱上就切掉还是纯化后再切掉?如果是纯化后再切,那么切下的GST片断要不要除去?如果用凝血酶切,凝血酶要不要除去?
有在柱子上切的,也有纯化后切的,切下的片段可以用原来的亲和填料去除,凝血酶也需要去除的,你可以看下面的一些材料吧：
我是按照克隆所写的,每100毫升菌离心后加4毫升平衡buffer,每次样品大概是20mL,请问这样是不是不够?我没有买柱子,只有填料,每次使用2毫升的Ni-琼脂糖,以一个10mL的注射器和滤纸代替的柱子,不知这样是否可行? 所以由于怀疑结合不够,所以也试过把填料平衡后直接加到样品中,4度孵育过夜,还是依旧....
别客气,你透析一下样品再上吧,我觉得你也可以把你的样品再用平衡缓冲液稀释一倍,这样再上一下看看,怀疑是你样品的问题用注射器加滤纸也可以,但是滤纸很容易破,而且掉纤维,反正这样做也没有关系,你再试试吧,此外你的填料最好是重新鏊合过镍的,一个一个因素排除吧.
问有没有可能是蛋白结构导致his被包裹,从而无法亲和?呵呵,乱猜的.另外,请问,Ni柱上样后是应该变颜色吗?
上样不会变色的,变成棕色就不能用了,我觉得你还是看看你样品有没有问题.此外你说的那样情况也许有,但是很少见,如果可能的话,你把它换到另一端看看.
我做的是原核表达GST-融合蛋白,量46.9KD,通过SDS-PAGE电泳发现目的条带已经表达出来了,可溶,正在做纯化,但是过柱纯化后有杂带,现在我按你的多洗了几个床体积,杂带少了,但还是有,我用的是Glutathione Sepharose 4B的柱子,pharmacia公司的,就是那种小的已经做好的一次性的小柱子,它不用我调整流速和作用时间,填料也不用我自己弄的.
1.柱子没有什么缺点,硬找的话,那也只是上样量小点,流速慢些,我们也生产这样的柱子,很好用,节省不少时间.
31)我是学生物的,最近我们要用噬菌体展示技术找一个膜蛋白交互作用蛋白,因为噬菌体展示技术最基本、最关键的一步就是要纯化蛋白,但是完整膜蛋白纯化好象比较困难,而且表达的蛋白质形成了包涵体,另外它有三个二硫键,纯化过程中包涵体的同时,可能又很难蛋白的活性,不知你有没有好的方法或经验可以告知.谢
这个我就不清楚了,膜蛋白本身就不好溶解,需要用表面活性剂,如果是包涵体那需要复性,有三个二硫键,你可以参考有二硫键包涵体复性的方法去做.
32)我是搞活性多糖及糖蛋白研究的,分离纯化方面是新手,我打算订一些填料(筛和离子交换)用来制备多糖和糖蛋白,由于填料种类太多,不知我该如何选择?请楼主推荐几种常用的填料组合,谢谢!
糖蛋白的纯化其实可以充分利用它们的特点可以用疏水,亲和(凝集素,硼酸类)这些方法去纯化,离子交换和凝胶过滤填料的选择得按你的量和等电点,你没有太具体的差数很难说,因为的确品种比较多.
33)我想从蛋白粗提物中分离的40KD以下的蛋白质做进一步的实验,蛋白质的具体性质不知道,应该选用什么样的分离纯化方法呢.谢谢.
那你看有没有截留量在50KD以上的膜,超滤到你要的的蛋白,,这样进一步用离子交换或者凝胶过滤去纯化,如果你的蛋白有一些特殊性质也可以用亲和或者疏水.
色谱图漂亮也不一定电泳图就漂亮,模糊是不是你的蛋白浓度太低,有没有盐呢,如果是这样的话,那电泳图不会好看的,你把样品透析浓缩,再跑电泳看看.
1.疏水通常情况下不需要添加什么物质,就是高浓度的硫酸铵,氯化钠等盐,离子对是适合做反相用,蛋白纯化中不加这些物质.常用的我就知道三氟乙酸别我也不清楚.
3好象没有离子排组色谱,应该是凝胶过滤色谱吧,分离原理很简单,那就是因为凝胶是多孔的,所以小能进入更小的孔,而大进不去,因此小流经的径大于大的,选择的填料最常用的也就是葡聚糖凝胶,葡聚糖混合琼脂糖凝胶,还有烯丙基接枝葡聚糖凝胶,代表的产品有sephadex系列,superdex系列,sephacryl系列,具体的填料结构和规格可以参考<生物工程下游技术>
36)我纯化的蛋白等电点预测为8.04左右,我用ph6.5的10mM磷酸钠,1mMEDTA的缓冲液,柱的填料为CM-钎维素,上样后我用缓冲液洗柱以去掉没有结合的蛋白,不幸的是目的蛋白也被洗了下来,接下来的梯度洗脱根本就无用.请帮我看看是哪儿除了问提!
38) 我的蛋白,从包涵体中纯化,用SKL溶解复性后上Sephadex G-100柱没问题,用PEG20000浓缩后再上DEAE-Sephadex A-50后不论用多大的NaCl浓度都挂在顶上下不来.都是在10度以下过的柱子,温度和缓冲系统都不成问题,是什么原因呢?ing～～～～
也许是没有复性好,总之我怀疑是沉淀在柱子上了,你用变性剂洗试试.或者是你蛋白不稳定,沉淀在柱子上,所以洗不下来.
我的蛋白的确很不稳定,但是在这样的温度和操作强度下应该不是沉淀变性.另外,我是用SKL溶解包涵体后透析除SKL复性,用非变性PAGE检验过的,如果再用变性剂洗涤的话前面的工作不是白做了吗?
我尝试把柱子顶上的粘着蛋白的珠子再用SKL处理,丙酮沉淀后SDS-PAGE发现目的蛋白就在里面,真郁闷呢……
所以这说明你蛋白溶解性不好,你复性后的缓冲液应该和你上离子交换的一样,这样才不会沉淀,此外你可以用离子交换的缓冲液去稀释你的样品再上样,避免因为缓冲液不同而沉淀,此外你的蛋白是不是疏水性比较强,加点甘油或乙醇看能不能增加溶解性,此外要注意pH,这些原因都会影响你蛋白的溶解性.
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