*用Oligo(dT)或随机引物代替基因性引物（GSP）用于第一链合成。由于RNA模板存在二级结构，如环状结果，有可能导致GSP无法与模板退火；或SSⅡ反酶无法从此引物进行有效延伸。
*用RT阴性对照检测是否被基因组DNA污染。如果RT阴性对照的PCR结果也显示同样条带，则需要用DNase I重新处理样品。
*在PCR反应中，非的起始扩增将导致产生非性结果。在低于引物Tm 2至5℃的温度下进行退火，降低镁离子或是目的DNA的量将减少非性结果的产生。
*在用DNase处理被DNA污染的RNA样品时，其产生的寡核苷酸片段会产生非性扩增，一般会显示为弥散背景。
*对于长片段的PCR，将反应体系中cDNA的浓度稀释至1:10（或1:100-1:200）
*通常是由于对照RNA中含有痕量DNA而导致的。由于进行体外时不可能将所有的DNA模板消除。可将第一链cDNA稀释1:10、1:100、1:1000倍以消除DNA污染所造成的影响。
*有可能是由于模板量过高而导致PCR结果产生了高量的DNA胶状物。将第一链结果至少稀释100倍再进行二次扩增。
*另外，在二次PCR时使用的退火温度如果比引物的Tm值低5℃，可以将退火温度适当增高或进行热启动以提高性。
GSP在扩增低丰度的本时是最好的。OligodT引物用于高质量RNA及全长本的逆；随机引物用于mRNA片段的逆。
使用5’或3’RACE试剂都需要至少一条基因性引物，您在设计引物时需要注意以下几点要求：
*目的基因太长而不适合进行反，使用GeneRacer试剂盒中的Oligo dT来得到全长cDNA，使用随机引物或与模板的5’端尽可能近的GSP进行PCR。
*cDNA模板属于困难模板，可以通过以下方决：优化PCR反应参数及反应体系；降低退火温度；使用5-10％的DMSO帮助通过高GC含量区；使用高保真度和高延伸能力的酶进行PCR反应。
*GeneRacer引物和cDNA的非性结合会导致产生一端带有GeneRacer引物序列的PCR产物。
*CIP反应后的RNA降解产生了新的带有5’磷酸的断裂模板，可以同GeneRacer RNA Oligo连接。一定要小心操作，RNA无降解。
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